Em 9 julho de 1964, o Departamento de Justiça da Indonésia registrou oficialmente a Associação dos Estudantes da Bíblia, uma entidade jurídica usada pelas Testemunhas de Jeová. Mas, antes que os irmãos pudessem ter total liberdade de religião, eles precisavam ser registrados no Departamento de Assuntos Religiosos. Esse órgão consultou a Diretoria Geral da Comunidade Cristã, que era composta por protestantes rigorosos que se opunham fortemente às Testemunhas de Jeová.

Certo dia, um irmão conheceu uma autoridade de destaque que trabalhava de perto com o Ministério de Assuntos Religiosos. Os dois homens descobriram que eram do mesmo povoado, e daí tiveram uma conversa animada em sua língua nativa. Quando o irmão falou dos problemas que as Testemunhas de Jeová estavam tendo com a Diretoria Geral da Comunidade Cristã, o  homem providenciou que três irmãos se reunissem com o ministro, um muçulmano agradável e compreensivo. Em 11 de maio de 1968, o ministro emitiu um decreto oficial reconhecendo as Testemunhas de Jeová como uma religião e reafirmando o direito delas de realizar sua obra na Indonésia.

Em vez de levar a questão à Diretoria Geral da Comunidade Cristã, aquela autoridade também se ofereceu para cuidar pessoalmente dos vistos dos missionários estrangeiros. Com a ajuda desse homem imparcial, 64 missionários entraram na Indonésia nos anos seguintes.

Em 1968, já havia mais de 1.200 publicadores e cerca de 300 missionários e pioneiros especiais divulgando as boas novas em toda a Indonésia. Os missionários deram valioso treinamento aos irmãos locais. Essa ajuda acelerou o progresso espiritual deles. O treinamento chegou na hora certa, pois as nuvens de perseguição se aproximavam rapidamente.

Em 1974, a Diretoria Geral da Comunidade Cristã retomou sua antiga campanha para proibir a obra das Testemunhas de Jeová. O diretor-geral daquela diretoria escreveu a cada escritório regional do Departamento de Assuntos Religiosos, afirmando falsamente que as Testemunhas de Jeová não tinham reconhecimento legal. Ele incentivou as autoridades locais a agir contra os irmãos sempre que causassem “dificuldades” — um jeito disfarçado de motivar a perseguição contra o povo de Jeová. A maioria das autoridades não seguiu essa orientação. Mas outras aproveitaram a oportunidade para proibir as reuniões e a pregação de casa em casa.

Por volta dessa época, o Conselho Mundial de Igrejas (CMI) planejava realizar uma assembleia internacional  em Jacarta, algo que para os muçulmanos locais era uma afronta. Visto que as tensões religiosas aumentavam, o CMI cancelou a assembleia. No entanto, o proselitismo cristão tinha se tornado um assunto polêmico, e muitos políticos estavam apreensivos. Como era de esperar, os clérigos tentaram culpar as Testemunhas de Jeová por reclamarem abertamente de sua pregação. Isso fez com que mais autoridades tivessem uma opinião negativa das Testemunhas de Jeová.

Em dezembro de 1975, com as tensões religiosas ainda aumentando, a Indonésia invadiu o Timor-Leste, uma ex-colônia portuguesa. Sete meses depois, o Timor-Leste passou a fazer parte da Indonésia, aumentando o fervor patriótico em todo o país. Mas os irmãos permaneceram politicamente neutros e se recusaram a prestar serviço militar ou a saudar a bandeira. Isso despertou a ira de importantes comandantes militares. (Mat. 4:10; João 18:36) Como último golpe, os clérigos exigiram que o governo agisse contra as Testemunhas de Jeová. Por fim, em meados de dezembro de 1976, os clérigos receberam seu “presente de Natal”: o governo anunciou que as Testemunhas de Jeová estavam proscritas.