Nhân Chứng Giê-hô-va đã có ở Hàn Quốc hơn 100 năm và được tự do thờ phượng. Chỉ có một thử thách lớn mà Nhân Chứng Giê-hô-va ở Hàn Quốc phải đối mặt là liên tục bị chính phủ truy tố do từ chối nhập ngũ vì cớ lương tâm.

Hàn Quốc không nhìn nhận quyền từ chối nhập ngũ vì cớ lương tâm và không ban hành luật về nghĩa vụ dân sự thay thế. Do đó, những anh Nhân Chứng trẻ từ chối nhập ngũ vì cớ lương tâm thường bị kết án tù 18 tháng. Mỗi tháng có từ 40 đến 50 anh Nhân Chứng bị bỏ tù. Sau khi ra tù, những anh từ chối nhập ngũ vì cớ lương tâm vẫn phải chịu khổ vì giờ đây họ mang tiền án và bị xem là trốn nghĩa vụ quân sự. Một Nhân Chứng có lẽ gặp khó khăn khi xin việc và chịu những thiệt thòi khác trong xã hội.

Vấn đề cũng xảy ra đối với những người đã hoàn thành nghĩa vụ quân sự bắt buộc nhưng sau đó làm theo sự dạy dỗ của Kinh Thánh là yêu thương người lân cận và không tham gia chiến tranh. Vì vẫn là quân nhân dự bị nên họ nhiều lần bị truy tố và bị phạt hành chính do không muốn tiếp tục tham gia huấn luyện quân sự.

Ủy ban Nhân quyền Liên hợp quốc đã đưa ra hơn 500 quyết định chống lại Hàn Quốc do đã vi phạm quyền của những người từ chối nhập ngũ vì cớ lương tâm và xem việc nước này bỏ tù họ là “bắt giữ tùy tiện”. Ủy ban này cũng cho biết rằng Hàn Quốc “phải tránh những vi phạm tương tự” trong tương lai. Một giải pháp cho vấn đề này là Hàn Quốc phải thật sự tôn trọng quyền tự do lương tâm và tự do tôn giáo.