Ang mga Saksi ni Jehova ay unang nairehistro sa Baku, ang kabiserang lunsod ng Azerbaijan, noong 1999 at muling nairehistro noong 2002. Naisasagawa pa rin ng mga Saksi ang kanilang relihiyon pero hinihigpitan na sila ng gobyerno, kasali na rito ang pag-raid ng mga pulis sa relihiyosong mga pulong at pagsensor sa mga literatura.

Pagkatapos, noong Mayo 2009, nagharap ang State Committee for Work with Religious Associations (SCWRA) ng ilang pagbabago sa Law on Freedom of Religious Beliefs. Nang magparehistro ulit ang mga Saksi noong 2010, tinanggihan ng SCWRA ang aplikasyon nila dahil sa teknikalidad, kaya ang mga Saksi ay hindi legal na kinikilala sa Baku. Dahil diyan, posibleng malabag ang karapatan ng mga Saksi sa malayang pagsamba.

Pero nagbago ang mga kalagayan. Noong 2015, itinigil na ng SCWRA ang pagharang sa mga ipinapasok na literatura ng mga Saksi. Mula pa noong 2016, nakakapagdaos na ang mga Saksi ng malalaking asamblea. At noong Nobyembre 8, 2018, ipinagkaloob ng SCWRA ang full legal registration ng mga Saksi ni Jehova sa Baku. Inaasahang ang pagpaparehistro ng mga Saksi sa Baku ay magiging parisan sa mga nakabinbing aplikasyon sa iba pang lunsod.

Nananatili pa rin ang ilang paglabag sa pagsasagawa ng relihiyon. Kahit may commitment na ang Azerbaijan sa Council of Europe, hindi pa rin naglalaan ang gobyerno ng alternatibong serbisyong pansibilyan. Dahil dito, ang mga kabataang lalaking Saksi kung minsan ay hina-harass at sinasampahan ng kaso dahil sa kanilang pagtangging magsundalo udyok ng budhi.

Para maiharap ang mga paglabag na nararanasan ng mga Saksi sa loob ng ilang taon, nag-file sila ng 18 aplikasyon sa European Court of Human Rights at nagsampa ng 11 reklamo sa UN Human Rights Committee. Ang mga kinatawan ng mga Saksi ni Jehova ay patuloy pa ring nakikipag-usap sa mga awtoridad ng gobyerno sa Azerbaijan para maayos ang mga paglabag na ito at mapayapa at malaya na nilang maisagawa ang kanilang relihiyon.