Ang mga Saksi ni Jehova ay unang nairehistro sa Baku noong 1999 at muling nairehistro noong 2002. * Nang sumunod na mga taon, naisasagawa pa rin ng mga Saksi ang kanilang relihiyon pero hinihigpitan na sila ng gobyerno, kasali na rito ang pag-raid ng mga pulis sa relihiyosong mga pulong at pagsensor sa mga literatura.

Gayunman, ang kalayaan sa pagsamba ng mga Saksi sa Azerbaijan ay naging mas mahirap matapos amyendahan ng State Committee for Work with Religious Associations (SCWRA) ang batas tungkol sa relihiyon. Noong 2010, tinanggihan ng SCWRA ang aplikasyon ng mga Saksi para muling magparehistro dahil sa teknikalidad, kaya ang mga Saksi ay hindi legal na kinikilala sa Baku. Sinikap din ng mga Saksi na magparehistro sa iba pang lunsod sa Azerbaijan, pero wala ring nangyari.

Ang mga Saksi ni Jehova ay patuloy na hina-harass at hinihigpitan. Hinahalughog ng mga pulis ang mga bahay ng ilang Saksi at kinukumpiska ang kanilang personal na mga pag-aari, pati na ang mga Bibliya. Ang ilang Saksi ay inaresto at sinampahan ng kaso dahil ibinabahagi nila sa iba ang kanilang mga paniniwala, na naging dahilan para pagmultahin sila nang malaking halaga at mabilanggo. Dahil hindi nakarehistro ang mga Saksi, itinuturing ng mga awtoridad na ilegal ang relihiyosong gawain ng mga Saksi, kaya sila ay ginugulo, idiniditine ang mga dumadalo, at pinagmumulta nang malaking halaga.

Mula noong Nobyembre 2015, pinapayagan ng SCWRA ang importasyon ng anumang bagong publikasyon ng mga Saksi ni Jehova. Pero ang nangyayaring mga paglabag sa kalayaan sa relihiyon ay taliwas sa mga commitment ng Azerbaijan sa Council of Europe. Isa pa, walang probisyon ang gobyerno para sa alternatibong serbisyong pansibilyan. Dahil dito, ang mga kabataang lalaking Saksi kung minsan ay hina-harass at sinasampahan ng kaso dahil sa kanilang pagtangging magsundalo udyok ng budhi.

Sa nakalipas na sampung taon, ang mga Saksi ni Jehova sa Azerbaijan ay naghangad ng higit na kalayaan sa pagsamba sa pamamagitan ng pagsumite ng 22 aplikasyon sa European Court of Human Rights at pagsampa ng 4 na reklamo sa UN Human Rights Committee. Ang mga kinatawan ng mga Saksi ni Jehova ay makikipagkita sa mga awtoridad ng gobyerno sa Azerbaijan para maresolba ang mga paglabag na ito.

^ par. 2 Nakarehistro bilang Religious Community of Jehovah’s Witnesses in the Azerbaijani Republic