La începutul anului 1942, redutabila armată japoneză a invadat Indonezia, preluând controlul și stăpânind cu o mână de fier. Mulți frați au fost puși la muncă forțată, construind drumuri și curățând șanțuri. Alții au fost închiși în lagăre mizere și torturați pentru că au refuzat să susțină războiul. Cel puțin trei frați au murit în închisoare.

O soră de origine olandeză, Johanna Harp, care locuia într-un sat de munte izolat din Java de Est, a reușit să evite să fie închisă în lagăr în primii doi ani de război.  Ea și cei trei copii adolescenți ai ei au profitat de libertate pentru a traduce din engleză în olandeză cartea Salvare și diferite numere ale revistei Turnul de veghe. a Publicațiile traduse erau transcrise și trimise în mod clandestin Martorilor din toată Java.

Puținii Martori care nu fuseseră închiși se întâlneau în grupuri mici și predicau cu prudență. „Eram mereu atentă la pericole când predicam informal despre adevăr”, a spus Josephine Elias (înainte Tan). „Luam cu mine o tablă de șah când îi vizitam acasă pe cei interesați ca să se creadă că mergeam doar să joc șah.” Felix Tan și soția lui, Bola, predicau din casă în casă, pretinzând că vând săpun. „Eram deseori urmăriți de agenți ai Kempeitaiului, temuta poliție militară japoneză”, a spus Felix. „Pentru a înlătura suspiciunile, îi vizitam pe cei cu care studiam Biblia în zile și la ore diferite. Șase dintre ei au progresat și s-au botezat în timpul războiului.”

În timp ce se adaptau la greutățile din timpul războiului, frații s-au confruntat cu o altă încercare grea. Autoritățile japoneze au dat ordin ca toți străinii (inclusiv indonezienii de origine chineză) să se înregistreze și să aibă la ei o carte de identitate care să conțină un jurământ de loialitate față de Imperiul Japonez. Mulți frați s-au întrebat dacă să se înregistreze și să semneze cartea de identitate sau să refuze.

Felix Tan a explicat: „Frații din Jakarta ne-au îndemnat pe noi, cei din Sukabumi, să refuzăm să semnăm cartea de identitate. Dar noi am cerut autorităților permisiunea de a schimba formularea din «Subsemnatul  jură loialitate față de» în «Subsemnatul nu se va opune» armatei japoneze. În mod surprinzător, autoritățile au fost de acord și am primit cu toții cărți de identitate. Când au auzit ce decizie am luat, frații din Jakarta ne-au numit apostați și au rupt legătura cu noi”.

Din nefericire, majoritatea fraților din Jakarta cu o gândire rigidă au fost arestați și au renunțat la adevăr. Un frate care n-a acceptat să semneze cartea de identitate a ajuns în închisoare cu André Elias. „Am discutat cu el despre chestiunea înregistrării și l-am ajutat să aibă un punct de vedere mai echilibrat”, a spus André. „Și-a cerut cu umilință iertare că a rupt legătura cu noi. În perioada care a urmat ne-am încurajat reciproc, dar, din păcate, el a murit din cauza condițiilor grele din închisoare.”

În 1945, când războiul s-a încheiat, frații și surorile erau nerăbdători să continue lucrarea de predicare. Un frate care fusese închis și torturat a scris filialei din Australia:  „După patru ani care au trecut greu și ne-au secătuit de puteri, iată-mă neînfrânt și nezdruncinat în credință. În toate necazurile mele, nu am uitat de frați. Îmi puteți trimite, vă rog, câteva cărți?”.

La scurt timp după aceea, publicațiile mult așteptate au ajuns în țară, la început mai puține, apoi în cantități mai mari. Un grup de zece vestitori din Jakarta au reînceput să traducă publicații în indoneziană.

La 17 august 1945, conducătorii mișcării de independență a Indoneziei au proclamat Indonezia republică independentă, ceea ce a dus la o revoluție de patru ani împotriva îndelungatei stăpâniri coloniale olandeze. Zeci de mii de oameni au murit în perioada tulbure care a urmat și peste șapte milioane de oameni au fost strămutați.

Pe parcursul revoluției, frații au continuat să predice din casă în casă. „Patrioții au încercat să ne forțeze să scandăm sloganul lor «Merdeka», însemnând «Libertate», a relatat Josephine Elias. Dar le-am spus că noi nu ne implicăm în chestiuni politice.” În 1949, olandezii au recunoscut Republica Statelor Unite ale Indoneziei (în prezent, Republica Indonezia) ca stat suveran. b

În 1950 trecuseră aproape zece ani de când frații din Indonezia sufereau din cauza conflictelor. Dar îi aștepta o lucrare uriașă. Cum aveau ei să anunțe vestea bună la milioanele de locuitori ai Indoneziei? Din punct de vedere uman, această însărcinare părea imposibilă. Totuși, având o credință puternică, frații au continuat lucrarea, încrezându-se că Iehova ‘va scoate lucrători la secerișul său’ (Mat. 9:38). Și Iehova a făcut exact acest lucru.