În timpul interdicției, majoritatea congregațiilor au continuat să se întrunească în case particulare. Însă, pentru a nu atrage atenția, multe congregații nu cântau cântările Regatului. În unele locuri de întrunire, autoritățile făceau descinderi, dar în general frații nu-și pierdeau calmul.

Deseori, reuniunile de familie sau petrecerile de nuntă erau folosite drept ocazii de a ține congrese mai mari. Tagor Hutasoit a explicat: „De obicei, după oficierea căsătoriei, cuplurile obțineau o autorizație de la poliție pentru a face o petrecere mare de nuntă. În timpul petrecerii, mirii și însoțitorii lor stăteau pe podium, iar frații prezentau mai multe cuvântări biblice”.

La un congres, un polițist l-a luat pe Tagor deoparte.

„Majoritatea nunților durează doar două, trei ore. De ce nunțile voastre durează de dimineața până seara?”, a întrebat polițistul.

„Unii miri au numeroase probleme și au nevoie de multe sfaturi din Cuvântul lui Dumnezeu”, i-a răspuns Tagor.

„Înțeleg”, a spus polițistul dând din cap.

 Sub pretextul celebrării mai multor nunți deodată, frații au prezentat o parte din Congresul de District „Unitatea Regatului” din 1983 pe un stadion mare din Jakarta. Aproape 4 000 de frați și de persoane interesate au asistat la congres, iar 125 de persoane s-au botezat în secret înainte de program. Mai târziu, când interdicția nu a mai fost atât de strictă, frații au ținut congrese chiar mai mari, inclusiv un congres la care au asistat peste 15 000 de persoane.

În anii ’80 și ’90 ai secolului trecut, filiala a înaintat de mai multe ori petiții guvernului pentru ridicarea interdicției puse Martorilor lui Iehova. Și frați din alte țări au scris Guvernului Indoneziei și ambasadorilor ei, întrebând de ce Martorii lui Iehova nu erau recunoscuți în mod legal în Indonezia. Mulți oficiali erau de acord cu ridicarea interdicției, dar eforturile lor au fost zădărnicite în repetate rânduri de Direcția Generală pentru Îndrumarea Comunității Creștine, care era foarte influentă.

În 1990, frații au ajuns la concluzia că ar fi posibil să se construiască o nouă filială într-un loc mai retras. În același an, Corpul de Guvernare a aprobat achiziționarea unei proprietăți în apropiere de Bogor, un orășel aflat la vreo 40 de kilometri sud de Jakarta. Însă puțini frați locali aveau experiență în construcții. Prin urmare, cum avea să fie construită noua filială?

Ajutorul a venit de la comunitatea internațională de frați. Biroul de construcții din Brooklyn și Biroul regional de proiectare din Australia au pus la dispoziție planurile arhitecturale. Aproximativ 100 de voluntari internaționali au oferit ajutorul de specialitate necesar pe parcursul celor doi ani cât a durat proiectul.

Hosea Mansur, un frate indonezian care a fost persoana de legătură între organizație și diverși oficiali locali, a povestit: „Când unii oficiali musulmani mi-au văzut inițialele, H.M., pe casca de protecție, au crezut că litera H venea de la hagiu, titlu onorific purtat de cei care merg în pelerinaj la Mecca. De aceea m-au tratat cu mult respect. Datorită acestei neînțelegeri, lucrările au putut fi organizate mai ușor”.

 Noile clădiri de filială au fost dedicate la 19 iulie 1996. John Barr, membru al Corpului de Guvernare, a prezentat cuvântarea de dedicare. Printre cele 285 de persoane din auditoriu s-au numărat 118 beteliști, pionieri speciali, misionari și foști misionari din multe țări și cei 59 de membri ai familiei Betel din Indonezia. În următoarele două zile după programul de dedicare, 8 793 de delegați au participat la Congresul de District „Mesagerii păcii divine” ținut în Jakarta.

În 1998, după mult timp la conducerea țării, președintele Soeharto (Suharto) a demisionat, urmând să fie  format un nou guvern. Atunci frații și-au intensificat eforturile pentru a obține ridicarea interdicției.

În 2001, în timp ce era în vizită la New York, secretarul de stat al Indoneziei, dl Djohan Effendi, a făcut un tur al Betelului din Brooklyn și s-a întâlnit cu trei membri ai Corpului de Guvernare. El a fost impresionat de ce a văzut și a recunoscut că Martorii lui Iehova au o reputație bună în întreaga lume. Dl Effendi era în favoarea ridicării interdicției, dar a spus că ultimul cuvânt îl avea procurorul general al Indoneziei, dl Marzuki Darusman.

Procurorul general susținea și el ridicarea interdicției, dar unii oficiali ostili din departamentul său au tergiversat luarea unei decizii în speranța că în scurt timp procurorul avea să fie înlocuit. În cele din urmă, la 1 iunie 2001, Tagor Hutasoit a fost chemat la biroul procurorului general. „În același birou, cu aproximativ 25 de ani în urmă, mi s-a înmânat un document prin care activitatea Martorilor lui Iehova era interzisă, a relatat Tagor. Dar în acea zi, ultima zi în funcție a procurorului general, acesta mi-a înmânat un document prin care interdicția era ridicată.”

La 22 martie 2002, organizația Martorilor lui Iehova din Indonezia a fost înregistrată în mod oficial de Departamentul Afacerilor Religioase. Directorul general al Departamentului le-a spus reprezentanților filialei: „Acest document prin care ați fost înregistrați nu vă garantează libertatea de închinare. Această libertate v-o dă Dumnezeu. Prin prezentul document, religia dumneavoastră este recunoscută în mod oficial de guvern. Acum aveți aceleași drepturi ca alte religii, iar guvernul vă stă la dispoziție”.