La 9 iulie 1964, Departamentul de Justiție din Indonezia a înregistrat Asociația Studenților în Biblie, o persoană juridică folosită de Martorii lui Iehova. Dar înainte de a se putea bucura de libertate religioasă deplină, frații trebuiau să se înregistreze la Departamentul Afacerilor Religioase. Acesta s-a consultat cu Direcția Generală pentru Îndrumarea Comunității Creștine, unde lucrau protestanți rigizi, care se împotriveau cu înverșunare Martorilor lui Iehova.

Într-o zi, un frate a întâlnit un oficial de rang înalt care colabora strâns cu ministrul afacerilor religioase. Cei doi au descoperit că erau din același sat și au avut o conversație plăcută în dialectul lor. Când fratele i-a vorbit oficialului despre problemele pe care Martorii le aveau cu Direcția Generală pentru Îndrumarea Comunității Creștine, oficialul a aranjat ca trei frați să se întâlnească  direct cu ministrul, un musulman înțelegător și prietenos. La 11 mai 1968, ministrul a emis un document oficial prin care Martorii lui Iehova erau recunoscuți ca religie și li se confirma dreptul de a-și desfășura lucrarea în Indonezia.

În plus, oficialul s-a oferit să-i ajute pe frați să obțină vize de misionari pentru Martorii străini fără implicarea Direcției Generale pentru Îndrumarea Comunității Creștine. Cu ajutorul acestui demnitar imparțial, 64 de misionari au primit drept de ședere în Indonezia în următorii câțiva ani.

În 1968, aproximativ 300 de misionari și pionieri speciali și peste 1 200 de vestitori răspândeau vestea bună în toată Indonezia. Frații locali au primit o instruire valoroasă de la misionari. Aceasta i-a ajutat să progreseze mai repede pe plan spiritual. Instruirea a fost oportună deoarece frații urmau să treacă din nou prin persecuții.

În 1974, Direcția Generală pentru Îndrumarea Comunității Creștine și-a reînceput campania îndelungată pentru interzicerea activității Martorilor lui Iehova. Directorul general al Direcției a trimis o informare fiecărui birou regional al Departamentului Afacerilor Religioase, susținând în mod fals că Martorii lui Iehova nu erau recunoscuți legal. El i-a îndemnat pe oficialii locali să ia măsuri împotriva Martorilor de fiecare dată când le cauzau „probleme” – nimic altceva decât o invitație de a-i persecuta pe slujitorii lui Iehova. Cei mai mulți oficiali au ignorat îndemnul, dar alții au profitat de ocazie pentru a interzice întrunirile și predicarea din casă în casă.

Cam în aceeași perioadă, Consiliul Mondial al Bisericilor intenționa să țină o adunare internațională în  Jakarta, inițiativă pe care musulmanii locali au considerat-o agresivă și ofensatoare. Întrucât tensiunile religioase se amplificau, Consiliul a anulat adunarea. Totuși, prozelitismul creștin a devenit un subiect controversat, iar mulți politicieni erau alarmați. Cum era de așteptat, clerul a încercat să dea vina pe Martorii lui Iehova exprimându-și în mod deschis nemulțumirea cu privire la lucrarea lor de predicare. Aceasta i-a determinat pe mai mulți oficiali să-i privească pe Martori într-o lumină negativă.

În decembrie 1975, când tensiunile religioase luau și mai multă amploare, Indonezia a invadat Timorul de Est, fostă colonie portugheză. Șapte luni mai târziu, Timorul de Est a fost anexat Indoneziei, alimentând patriotismul pe tot cuprinsul țării. Frații au rămas neutri din punct de vedere politic și au refuzat să satisfacă serviciul militar sau să salute drapelul, ceea ce a stârnit mânia comandanților militari de rang înalt (Mat. 4:10; Ioan 18:36). Profitând de aceste circumstanțe, clerul a cerut în mod insistent guvernului să ia măsuri împotriva Martorilor. În cele din urmă, la jumătatea lunii decembrie a anului 1976, clerul și-a primit „cadoul de Crăciun”: guvernul a anunțat că Martorii lui Iehova au fost scoși în afara legii.