Jezus przebywa w Jerozolimie z okazji święta Paschy 30 roku n.e. Dokonuje w tym czasie niezwykłych cudów. W efekcie wielu ludzi zaczyna w niego wierzyć. Pod wrażeniem jest Nikodem, faryzeusz i członek najwyższego sądu żydowskiego — Sanhedrynu. Chce się dowiedzieć więcej. Odwiedza Jezusa po zapadnięciu zmroku. Najwidoczniej boi się, że gdyby został zauważony, straciłby dobrą opinię u innych żydowskich przywódców.

„Rabbi”, mówi Nikodem, „wiemy, że jesteś nauczycielem wysłanym przez Boga, bo nikt nie mógłby dokonywać cudów, których ty dokonujesz, gdyby Bóg nie był z nim”. W odpowiedzi Jezus tłumaczy Nikodemowi, że kto chce wejść do Królestwa Bożego, musi ‛ponownie się narodzić’ (Jana 3:2, 3).

Ale jak ktoś mógłby narodzić się jeszcze raz? „Czy może po raz drugi wejść do łona matki i się urodzić?” — pyta Nikodem (Jana 3:4).

Jezus wyjaśnia jednak, że ponowne narodzenie polega na czymś innym: „Jeśli ktoś nie narodzi się z wody i ducha, nie może wejść do Królestwa Bożego” (Jana 3:5). Jezus został zrodzony „z wody i ducha”, kiedy przyjął chrzest i kiedy zstąpił na niego duch święty. Wydarzeniu temu towarzyszyło oświadczenie z nieba: „To jest mój ukochany Syn, którego darzę uznaniem” (Mateusza 3:16, 17). W ten sposób Bóg ogłosił, że Jezus stał się Jego duchowym Synem mającym perspektywę wejścia w skład niebiańskiego Królestwa. Później, w trakcie Pięćdziesiątnicy 33 roku, duch święty zostanie wylany na inne ochrzczone osoby, które w ten sposób narodzą się ponownie — staną się zrodzonymi z ducha synami Bożymi (Dzieje 2:1-4).

Nikodemowi trudno jest zrozumieć to, czego dowiaduje się o Królestwie. Dlatego Jezus udziela mu dalszych wyjaśnień na temat swojej szczególnej roli człowieczego Syna Bożego. Mówi: „Jak Mojżesz uniósł w górę węża na pustkowiu, tak musi być uniesiony w górę Syn Człowieczy, żeby każdy, kto w niego wierzy, mógł żyć wiecznie” (Jana 3:14, 15).

Wiele stuleci wcześniej Izraelici pokąsani przez jadowite węże musieli popatrzeć na miedzianego węża, żeby ocalić życie (Liczb 21:9). Analogicznie wszyscy ludzie muszą uwierzyć w Syna Bożego, jeśli chcą zostać wybawieni z niewoli śmierci i zyskać życie wieczne. Następnie Jezus podkreśla rolę Jehowy i ogrom Jego miłości. Mówi Nikodemowi: „Bóg tak bardzo kocha ludzi, że dał swojego jednorodzonego Syna, żeby nikt, kto w niego wierzy, nie zginął, ale mógł żyć wiecznie” (Jana 3:16). W ten sposób tu, w Jerozolimie, jakieś sześć miesięcy po rozpoczęciu służby, Jezus wyjaśnia, że to on jest dla ludzkości drogą do wybawienia.

Oznajmia Nikodemowi: „Bóg przecież nie po to posłał swojego Syna na świat, żeby osądził ludzi”. Oznacza to, że Jezus nie został posłany, by ogłosić nieprzychylny wyrok, skazujący wszystkich ludzi na zagładę. Przeciwnie, posłano go, „żeby ich wybawił” (Jana 3:17).

Nikodem ze strachu przyszedł do Jezusa pod osłoną nocy. Co ciekawe, Jezus na zakończenie tej rozmowy mówi: „A podstawą osądu jest to, że światło [którym jest Jezus, co potwierdza swoim życiem i naukami] przyszło na świat, ale ludzie bardziej pokochali ciemność  niż światło, bo ich uczynki były niegodziwe. Kto dopuszcza się rzeczy odrażających, ten nienawidzi światła i się do niego nie zbliża, żeby jego uczynki nie zostały zdemaskowane. Kto czyni to, co prawe, ten zbliża się do światła, żeby stało się jawne, że jego uczynki są zgodne z wolą Bożą” (Jana 3:19-21).

Teraz więc Nikodem — faryzeusz i nauczyciel Izraela — musi przemyśleć to, co usłyszał o roli Jezusa w zamierzeniu Bożym.