Η Ισπανία, η Πορτογαλία και ο Παπισμός είχαν ήδη εξετάσει το ζήτημα της κυριότητας των νέων εδαφών. Το 1455, ο Πάπας Νικόλαος Ε΄ χορήγησε στους Πορτογάλους το αποκλειστικό δικαίωμα να εξερευνήσουν τις χώρες και τα νησιά κατά μήκος των αφρικανικών ακτών του Ατλαντικού, καθώς επίσης να διεκδικήσουν οτιδήποτε θα έβρισκαν εκεί. Το 1479, με τη Συνθήκη του Αλκάσοβας, ο Αλφόνσος Ε΄ της Πορτογαλίας και ο γιος του, ο Πρίγκιπας Ιωάννης, παρέδωσαν την κυριαρχία επί των Καναρίων Νήσων στον Φερδινάνδο και στην Ισαβέλλα της Ισπανίας. Σε αντάλλαγμα, η Ισπανία αναγνώρισε το πορτογαλικό μονοπώλιο στο εμπόριο με την Αφρική και την πορτογαλική κυριαρχία στις Αζόρες, στα Νησιά του Πράσινου Ακρωτηρίου και στη Μαδέρα. Δύο χρόνια αργότερα, ο Πάπας Σίξτος Δ΄ επιβεβαίωσε αυτή τη συνθήκη, ορίζοντας ότι οποιεσδήποτε νέες ανακαλύψεις νότια και ανατολικά των Καναρίων Νήσων θα ανήκαν στην Πορτογαλία.

Ωστόσο ο Ιωάννης, τώρα ως Ιωάννης Β΄ της Πορτογαλίας, ισχυρίστηκε ότι τα εδάφη που είχε ανακαλύψει ο Κολόμβος ανήκαν στην Πορτογαλία. Οι Ισπανοί μονάρχες αρνήθηκαν και προσέφυγαν στο νέο πάπα, τον Αλέξανδρο ΣΤ΄, για να τους εκχωρηθεί το δικαίωμα να αποικίσουν και να εκχριστιανίσουν τις περιοχές που είχε ανακαλύψει ο Κολόμβος.

Σε απάντηση, ο Αλέξανδρος εξέδωσε τρία επίσημα διατάγματα. Το πρώτο, «με την εξουσία του Παντοδύναμου Θεού»,  απένειμε την αποκλειστική και μόνιμη κατοχή των νέων εδαφών στην Ισπανία. Το δεύτερο καθόρισε μια διαχωριστική γραμμή βορρά-νότου που εκτεινόταν περίπου 560 χιλιόμετρα δυτικά των Νησιών του Πράσινου Ακρωτηρίου. Ο Αλέξανδρος αποφάνθηκε ότι όλα τα εδάφη που είχαν ανακαλυφτεί, ή που επρόκειτο να ανακαλυφτούν, δυτικά αυτής της γραμμής ανήκαν στην Ισπανία. Με μια κίνηση της πένας του, ο πάπας διαίρεσε ηπείρους! Το τρίτο του διάταγμα φαινόταν να επεκτείνει την ισπανική επιρροή προς ανατολάς, ως την Ινδία. Αυτό βέβαια εξόργισε τον Βασιλιά Ιωάννη, καθώς οι υπήκοοί του μόλις πρόσφατα είχαν καταφέρει να περιπλεύσουν το νοτιότερο άκρο της Αφρικής, εκτείνοντας έτσι το πορτογαλικό μονοπώλιο μέχρι τον Ινδικό Ωκεανό.

Απηυδισμένος με τον Αλέξανδρο, * ο Ιωάννης διαπραγματεύτηκε απευθείας με τον Φερδινάνδο και την Ισαβέλλα. «Οι Ισπανοί μονάρχες, φοβούμενοι τους αδίστακτους Πορτογάλους αλλά και όντας αρκετά απασχολημένοι με τον έλεγχο του Νέου Κόσμου, δέχτηκαν ευχαρίστως να καταλήξουν σε έναν λογικό συμβιβασμό», λέει ο συγγραφέας Γουίλιαμ Μπέρνσταϊν. Έτσι λοιπόν, το 1494 υπογράφτηκε στην ισπανική πόλη της Τορδεσίλιας η ομώνυμη συνθήκη.

Η Συνθήκη της Τορδεσίλιας διατήρησε τη διαχωριστική γραμμή βορρά-νότου που είχε χαράξει ο Αλέξανδρος, με τη διαφορά ότι τη μετακίνησε δυτικότερα κατά 1.480 χιλιόμετρα. Θεωρητικά, όλη η Αφρική και η Ασία «ανήκαν» πλέον στην Πορτογαλία, ο δε Νέος Κόσμος στην Ισπανία. Αυτή, όμως, η μετακίνηση της γραμμής προς δυσμάς έφερε στην πορτογαλική επικράτεια μεγάλο μέρος της άγνωστης ακόμα χώρας που αργότερα θα ονομαζόταν Βραζιλία.

Τα διατάγματα που εξουσιοδότησαν την Ισπανία και την Πορτογαλία να πάρουν στην κατοχή τους και να υπερασπιστούν τα νεοαποκτημένα εδάφη στάθηκαν η αφορμή για να χυθεί πολύ αίμα. Εκείνες οι αποφάσεις, όχι μόνο αψήφησαν τα δικαιώματα των ανθρώπων που ζούσαν εκεί—με αποτέλεσμα την υποδούλωση και την εκμετάλλευσή τους—αλλά οδήγησαν και σε διαμάχες αιώνων μεταξύ των εθνών για εξουσία καθώς και για την ελευθερία των θαλασσών.